Svegliatosi nudo in mezzo al nulla, un giovane viene portato dalla polizia in un istituto per ragazzi “difficili”. Egli non parla, non sa chi è e non è in grado di compiere nemmeno azioni elementari senza che prima qualcuno gliele mostri. Come se non bastasse, possiede una caratteristica unica, che lo rende se possibile ancor più speciale: non possiede un ombelico.
La psicologa del centro, Nicole, è affascinata dal giovane, tanto da affezionarcisi subito e decidere di portarlo a casa, dovre dovrà convivere con il marito e i due figli di lei, imparando giorno dopo giorno cose nuove.
Ma proprio quando le cose sembrano girare per il meglio, e Kyle (così viene chiamato dalla sua nuova famiglia) si è ormai adattato alla sua nuova vita da adolescente comune, iniziano a succedere fatti inspiegabili e a comparire loschi individui che dicono di conoscere le segrete origini del giovane.
Inizia così un viaggio in pieno stile sci-fi in un mondo fatto di organizzazioni segrete, complotti scientifici ed esperimenti clandestini, mentre Kyle scopre di possedere dei poteri particolari che nessuno sembra spiegarsi.
Se si osserva solo la trama, questo Kyle XY sembra un buon prodotto di fantascienza. Peccato che però a conti fatti sia stato solo un polpettone sentimentale farcito di elementi fantasy.